《空战魔导士候补生的教官》讲述世界受魔甲虫威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗魔甲虫的魔法师空战魔导士。就读空战魔导士培育机构学园浮游都市密斯特岗的彼方英司，是被冠上黑之剑圣称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为特务小队的叛徒而受到众人轻蔑、厌恶某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动！