《虐杀器官剧场版》讲述11事件后，世界各发达国家进入了全面反恐的阶段。而在这时，恐怖分子又在萨拉热窝引爆了核弹。世界各发达国家继而从反恐阶段升级到了与恐怖分子战斗的新阶段。美国成立了与CIA并驾齐驱的特殊反恐情报机关，并为此培养了一流的反恐战士。 为了让战士们从容射杀有武装的儿童，他们被注射了情感抑制剂。此外，由于情感抑制剂的作用，战士们在中弹时永远不会感到疼痛；因此，战士们可以在失去双腿甚至半个身体的情况下面无表情地继续战斗。