《龙鸣》讲述地球上的人类的安危被来自冥王星的巨大陨石Tanatos所威胁着。为了对抗Tanatos，人类以国际太阳系开发机构ISDA为发足点，秘密进行着一向不为人知的开发计划，这个计划被命名为D计划。这个计划的内容为利用在小笠原近海发现的迷之生命体龙进行生态兵器的开发，然后利用龙   去直接破坏Tanatos。正在这个计划正在推进的同时，因事故在两年前失去家人的孤独少年与搭救他的迷之少女命运般的相遇了有关谜之生命体龙是拥有高智能以及超级攻击力的究极生命体。在小笠原冲深海发现的卵状态的龙被送往ISDA秘密的进行着培育。