晴生一行人利用机械要塞孤注一掷，与将两万年前统治地球的哥斯拉进行生死对决！计划成功了，但哥斯拉却并未死亡？！哥斯拉短暂的沉默后，自身温度以几何倍数增高，一举摧毁了整个机械要塞。地球的黑夜被炽红色的光点亮.......(此为前作剧情）
人族的未来再度陷入一片黑暗，
在漆黑世界中浮现的，是染上黄金色的三条发光体。
在上一部剧中，梅德菲斯所述的“基多拉”到底是何物——